Mikrobiologiskt utvärderas genom att ta prover från materialet, personalinmatningen, rena rumsanvändningsytor och materialutgångsytor vid kritisk användning i det rena rummet.
I områden som kommer in i den rena rumsklassen används luftprovtagningsanordningen för att utvärdera mikrobiologiska termer genom att dra en viss kärna och luft till petriskytan.
TS 11605 EN ISO 14644-1 Rena rum och miljöerna som kontrolleras tillsammans i dessa rum Avsnitt 1 - Klassificering av luftrengöring
Personalen som arbetar i det rena rummet och arbetar i det kritiska området tas och utvärderas för mikrobiologisk analys med transportpinnar från handens yta.