نمونه‌برداری از طریق سواب انتقالی (Transport Swab) از مواد مورد استفاده حیاتی در داخل اتاق تمیز، ورودی پرسنل، سطح‌های مورد استفاده در اتاق تمیز و سطح‌های خروج مواد انجام شده و از نظر میکروبیولوژیکی مورد ارزیابی قرار می‌گیرد.
در نواحی‌ای که در رده اتاق تمیز قرار دارند، با استفاده از دستگاه اندازه‌گیری نمونه‌بردار هوا (Air Sampler)، مقدار مشخصی هوا به داخل سطح پتری کشیده شده و از نظر میکروبیولوژیکی مورد ارزیابی قرار می‌گیرد.
TS 11605 EN ISO 14644-1: اتاق‌های تمیز و محیط‌های کنترل‌شده مرتبط – بخش ۱: طبقه‌بندی پاکیزگی هوا
از سطح دست کارکنانی که در ناحیه بحرانی فعالیت می‌کنند و با محصول در تماس هستند، در داخل اتاق تمیز با استفاده از سواب انتقالی (Transport Swab) نمونه‌برداری انجام شده و برای تحلیل‌های میکروبیولوژیکی مورد ارزیابی قرار می‌گیرد.